Fajlar organizmada humoral ve hücresel immün yanıtı uyandırabilen yüksek immünojenik özelliğe sahip moleküllerdir ve potansiyel aşı taşıyıcısı olarak kullanılmaktadırlar. Bu çalışmada Hepatit B yüzey antijeni (HBsAg) tam molekül olarak M13 faj yüzeyinde füzyon protein olarak ekprese edilmiş ve rekombinant fajın antijenik etkisi BALB/cJ farelerinde incelenmiştir. Farelerin yüksek dozda (1012) rekombinant faj ile immünize edilmesinin normal faja kıyasla daha yüksek antikor yanıtına neden olduğu gösterilmiştir. BALB/cJ farelerinde elde edilen olumlu yanıt sonrası rekombinant fajın etkinliği Hepatit B virüsü (HBV) transgenik farelerde ve hibrid farelerde (C57BL/6JXBALB/c) incelenmiş ve ayrıca etkisi alüminyum adjuvantı ve mineral yağ adjuvantı gibi yaygın kullanımı olan adjuvantlarla karşılaştırılmıştır. Çalışmanın sonuçları BALB/cJ farelerin, HBV transgenik farelerin ve hibrid farelerin rekombinant faj ile immünizasyonunun antijene özgü antikor yanıtı oluşturduğunu göstermiştir. Sonuçlar ayrıca HBV taşıyıcılarında immün yanıt oluşturmak için güçlü adjuvantların kullanılması gerektiğini de işaret etmektedir.

Türkçe Özet :
Halofilik ve Halotolerant bakterilerin ve ektremozimlerinin endüstrideki önemi göz önüne alınarak bu çalısmada, ?zmir, Çamaltı Tuzlası'ndan izole edilmis ılımlı halofilik bir bakteri olan Halomonas sp. MU21 izolatının amilaz üretimi incelenmistir. Bu arastırma kapsamında besi yerinde kullanılan karbon ve azot kaynakları ve ortamdaki tuz miktarının enzim üretimi üzerindeki etkileri incelenmis ve tarımsal atık olarak patates kabuğunun karbon kaynağı olarak fermentasyon ortamında kullanılabilirliği denenmistir. Halomonas sp. MU21'den amilaz üretimi için en uygun karbon ve azot kaynaklarının nisasta ve pepton olduğu bulunmustur. MU21 amilazının üretimi için en uygun nisasta ve pepton miktarlarını belirlemek amacı ile fermentasyon ortamında ki pepton ve nisasta miktarları Yanıt Yüzey Metodolojisi (YYM) uygulanarak optimize edilmistir. En iyi enzim aktivitesi 41.145g/L nisasta ve 10.01g/L pepton konsantrasyonlarında elde edilmistir. Üretilen amilaz enziminin sıcaklık ve pH profili de çalısılmıs ve enzimin en yüksek aktiviteyi 50oC sıcaklıkta ve pH 6.9 değerinde gösterdiği belirlenmistir. Anahtar Kelimeler: Amilaz, Ilımlı halofiller, nisasta hidrolizi, Yanıt Yüzey Metodolojisi
İngilizce Başlık : Tarımsal atıklar kullanılarak ılımlı halofilik bir bakteriden amilolitik enzim üretilmesi
İngilizce Özet :
Considering the industrial importance of Halophilic and Halotolerant microorganisms and their exremozymes, amylase production from a moderately Halophile Halomonas sp. MU21 isolated from Çamaltı Saltern Area, ?zmir was investigated in this study. In this research, effect of carbon and nitrogen sources and salinity in fermentation media on amylase production were investigated. Potato shell was also used as an agricultural waste and the usage of it as a carbon source was also tested. The best carbon and nitrogen sources for amylase production from Halomonas sp. MU21 were found to be starch and peptone. In order to determine the optimum starch and peptone concentrations for highest ?-amylase amounts of starch and peptone in fermentation media were optimized by using Response Surface Methodology (RSM). The highest enzyme activity was obtained at 41.145g/L starch and 10.01g/L peptone concentrations, respectively. The optimum temperature and pH of Halomonas sp. MU21 ?-amylase enzyme were determined as 50oC and pH 6.9. Key Words: Amylase, moderately halophiles, starch hydrolysis, Response Surface Methodology.

Türkçe Özet :
Dünyanın enerji tüketimi 1971 - 2001 yılları arasında ikiye katlanmıştır ve 2030 yılına kadar % 53 oranında artacağı öngörülmektedir. Hem enerji krizi hem de çevresel bozulma, yenilenebilir kaynaklardan sürdürülebilir ve çevre dostu metotlarla elde edilecek biyoyakıt gibi alternatif enerji kaynaklarının devreye alınmasıyla etkileri azaltılabilecek önemli krizlerdir. Atık kızartma yağı miktarı her yıl artmaktadır ve uygun maliyetli ve katma değeri yüksek yakıtların, atık yağlar kullanılarak üretimi, özellikle sınırlı miktarda fosil yakıt rezervine sahip ülkeler için önemli bir husustur. Katalitik kraking, genel olarak katalizör varlığında, lineer uzun zincirli hidrokarbonlardan oksijenin çıkarılması ve daha kısa zincirli hidrokarbonların oluşturulması sürecidir. Kraking prosesinde, katalizörün tipi ve miktarı önemli bir rol oynar. Buna ek olarak katalizörün maliyeti de biyoyakıtın fizibilitesine etki etmektedir. Bu açıklamalar ışığında, bu tez kapsamında, atık kızarma yağının katalitik kraking denemelerinde, yenilebilir bir makroalg türü olan Ulva lactuca ve doğal zeolitin katalizör olarak kullanılabilme olanağı araştırılmıştır. Piroliz aşaması öncesinde ve sonrasında Gaz Kromatografisi / Kütle Spektrometrisi kullanılarak, atık yağın içeriği (WCO) ve üretilen hidrokarbonlar analiz edilmiştir. Yapılan analizlerde, atık yağ içerisinde ester, aldehit ve asitlerin oranının sırası ile % 46.420, % 27.980 ve % 15.040 olduğu belirlenmiştir. Esterlerin % 35.21 bölümünü ise Stigmast-5-en-3-ol (bitkisel steroid) içermektedir. Bu bileşenlerin yanı sıra, atık yağ içerisinde, % 6.73 alkan ve % 3.12 alken bulunduğu belirlenmiştir. Katalitik kraking reaksiyonu sonucunda oluşan ürün analiz edildiğinde, makroalgin katalizör olarak kullanılması sonucunda hekzadekanoik asit metil ester (palmitik asit metil ester) miktarının arttığı belirlenmiştir. Ayrıca makro-algin katalizör olarak kullanılması krakingde düşük miktarda alkan (% 1.561) ve alken (% 9.702) oluşumuna neden olurken; doğal zeolitin kullanılması oluşan alkan miktarını artırmıştır (% 22.263). Fakat alken oluşumu gözlenmemiştir. Atık yağın hızlı pirolizinde, Ulva lactuca'nın katalizör olarak kullanılması, % 40.86 oranında yağ aside metal esteri ve % 4.34 oranında alkan oluşumunu sağlamıştır. Sonuç olarak, makroalgin katalizör olarak kullanılması ile atık yağ hızlı piroliz ile % 45.43 oranında hidrokarbon benzeri yakıta dönüştürülmüştür. Makroalg yerine doğal zeolite kullanıldığında ise, hexadekanoik asit metil ester (palmitik asit metil ester) miktarının çok az daha arttığı, bunun yanında zeolite varlığında oktadekan oluşumunun da gerçekleştiği ve oktadekan veriminin % 22.263 oranında olduğu belirlenmiştir. Hexadekanoik asit metil ester (palmitik asit metil ester) ve oktadekan havacılık yakıtları için önemli yakıt komponentidir ve hexadekanoik asit metil ester (palmitik asit metil ester) oranı biyodizel yakıtların kapasitesinin belirlenmesinde önemli bir göstergedir. Sonuç olarak, tez kapsamında kullanılan Ulva lactuca ve doğal zeolitin, kraking reaksiyonlarıyla, atık kızarma yağından, yakıt benzeri hidrokarbonların üretiminde katalizör olarak kullanılabileceğini gösterilmiştir. Sahip olduğumuz bilgiye göre, bu çalışma, atık yağlardan biyoyakıt üretiminde makroalglerin katalizör olarak kullanıldığı ilk çalışmadır.
İngilizce Başlık : Atık yağların ucuz katalizörler kullanılarak katalitik krakingi
İngilizce Özet :
World energy consumption has been increased very rapidly between 1971 – 2001, and it is expected to increase 53% in 2030. Both increased energy demand and environmental problems are very substantial problems all over the world. It is proposed that alternative energy sources such as biofuels generated from biomass as well as the development of sustainable and environmentally friendly production methods for the production of biofuel are the main solutions to overcome these problems. One of the cost-effective and significant issue for the production of biofuels, especially for the countries with limited fossil fuel reserves, is the usage of waste cooking oils as biomass. Catalytic cracking is an effective way to eliminate oxygen from triglycerides based on oil to form short chain hydrocarbons from linear long chain hydrocarbons. Type and amount of catalyst also play a major role in the catalytic reactions. Additionally, the cost of the catalyst also affects the feasibility of biofuel. In the light of these explanations, within the scope of this thesis, an edible macroalgae, Ulva lactuca and natural zeolite were evaluated as low cost catalyst for the catalytic cracking / pyrolysis of waste cooking oil. Components of waste cooking oil were determined by Gas Chromatography / Mass Spectroscopy before and after pyrolysis process. According to the results, esters, aldehydes and acids ratios have been determined as 46.42 %, 27.98 % and 15.04 % respectively. Stigmast-5-en-3-ol (plant steroid) was found as the major part of esters with a ratio of 35.21 %. Besides these components, it is determined that, waste cooking oil included 6.730 % alkanes and 3.210 % alkenes. According to analyses of products obtained from catalytic cracking of waste cooking oil by using of macroalgae as catalyst, the yield of hexadecanoic methy ester (palmitic acid methyl ester) was increased. Furthermore, usage of macroalgae as catalyst led to low alkane yield (1.561 %) and alkene (9.702 %) production, whereas natural zeolite usage caused to increase alkane yield (22.263 %). However, alkene formation was not observed in the presence of natural zeolite as catalyst. Hexadecanoic methyl ester (palmitic acid methyl ester) and ocatdecane are significant components for biodiesel and aviation fuels and Hexadecanoic methyl ester (palmitic acid methyl ester) ratio is an important indicator for determination of capacity of biodiesel fuels. Therefore, within the scope of this thesis, the production of fuel-like hydrocarbons from waste cooking oil via catalytic cracking reactions in the presence of low cost catalysts, has been demonstrated.

Hepatitis B is a major public health problem worldwide, which may lead to chronic liver diseases such as cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The hepatitis B core antigen (HBcAg) is one of the major viral proteins, which forms the inner core of hepatitis B virus (HBV) particles. In this study, filamentous bacteriophage M13 was genetically modified to display the polypeptides of HBcAg in order to develop an alternative carrier system. HBcAg gene was inserted into the minor coat protein (pIII) gene of M13, and HBcAg was expressed on the phage surface as a whole protein. Antigenicity and immunogenicity of HBcAg were tested by immunizing BALB/c mice three times with HBcAg-displaying recombinant phages. After successful immunization, one of the mice with high antibody titer to HBcAg was selected for fusion, and four monoclonal antibodies specific for HBcAg were developed. This result showed that HBcAg-displaying recombinant bacteriophages are immunogenic and can potentially be used for the development of monoclonal antibodies.

The moderately halophilic Halomonas sp. strain AAD21, which produces extracellular thermostable alpha-amylase, was isolated from the Camalti Saltern area located in Izmir, Turkey. NaCl, carbon, and nitrogen sources in the growth medium were optimized to enhance alpha-amylase yield. The highest enzyme yield was measured in the presence of 20% NaCl with peptone as the nitrogen and starch as the carbon sources in the fermentation broth. This microorganism was also found to utilize waste potato peel as a carbon source for alpha-amylase production. Concentrations of carbon and nitrogen sources were optimized using a statistical approach, and alpha-amylase activity increased from 4.07 U mL(-1) min(-1) to 26.25 U mL(-1) min(-1). Maximum alpha-amylase production was achieved at the end of 48 h of growth in the presence of 20% NaCl, 4.12% starch, 1.0% peptone, 0.2% KCl, 2% MgSO4 center dot 7H(2)O, and 0.03% trisodium citrate pentahydrate. The optimum pH and temperature of the alpha-amylase were found to be 7.0 and 50 degrees C, respectively. The alpha-amylase synthesized by Halomonas sp. AAD21 was also thermostable. Crude alpha-amylase did not lose its original activity after 2 h of incubation at 50 degrees C and 60 degrees C, and it retained 70% of its original activity after 120 min of incubation at 90 degrees C.

The moderately halophilic Halomonas sp. strain AAD21, which produces extracellular thermostable a-amylase, was isolated from the Çamaltı Saltern area located in İzmir, Turkey. NaCl, carbon, and nitrogen sources in the growth medium were optimized to enhance a-amylase yield. The highest enzyme yield was measured in the presence of 20% NaCl with peptone as the nitrogen and starch as the carbon sources in the fermentation broth. This microorganism was also found to utilize waste potato peel as a carbon source for a-amylase production. Concentrations of carbon and nitrogen sources were optimized using a statistical approach, and a-amylase activity increased from 4.07 U mL-1 min-1 to 26.25 U mL-1 min-1. Maximum a-amylase production was achieved at the end of 48 h of growth in the presence of 20% NaCl, 4.12% starch, 1.0% peptone, 0.2% KCl, 2% MgSO4.7H2O, and 0.03% trisodium citrate pentahydrate. The optimum pH and temperature of the a-amylase were found to be 7.0 and 50 °C, respectively. The a-amylase synthesized by Halomonas sp. AAD21 was also thermostable. Crude a-amylase did not lose its original activity after 2 h of incubation at 50 °C and 60 °C, and it retained 70% of its original activity after 120 min of incubation at 90 °C.